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於崇文一生潜心于地学基础理论研究，长期致力于将基础自然科学和非线性科学及复杂性理论与地球科学相结合，先后开辟和发展了五个创新的学术领域——地质-地球化学中的多元分析、区域地球化学、成矿作用动力学、地质系统的复杂性以及成矿系统的复杂性，促进了地球科学从唯象科学向精确科学跨越。